BIOQUIMICA LAS BASES MOLECULARES DE LA VIDA

Prefacio xi Acerca de los autores xv 1 INTRODUCCIÓN A LA BIOQUÍMICA 1 ¿QUÉ ES LA VIDA? 2 BIOMOLÉCULAS 4 Grupos funcionales de las biomoléculas orgánicas 5 Clase principales de biomoléculas pequeñas 5 ¿ES LA CÉLULA VIVA UNA FÁBRICA DE PRODUCTOS QUÍMICOS? 12 Reacciones bioquímicas 13 Energía 16 Generalidades del metabolismo 17 Orden biológico 18 BIOLOGÍA DE SISTEMAS 19 Emergencia 20 Robustez 20 Modularidad 21 Métodos bioquímicos Introducción 22 Resumen del capítulo 22 Lecturas recomendadas 23 Palabras clave 23 Preguntas de revisión 24 Preguntas de análisis 25 2 LAS CÉLULAS VIVAS 27 TEMAS BÁSICOS 29 Agua 29 Membranas biológicas 29 Autoensamblaje 30 Máquinas moleculares 31 Hacinamiento macromolecular 31 Transducción de señales 32 ESTRUCTURA DE LAS CÉLULAS PROCARIOTAS 32 Pared celular 33 Membrana plasmática 34 Citoplasma 35 Pili y flagelos 36 ESTRUCTURA DE LAS CÉLULAS EUCARIOTAS 36 Membrana plasmática 37 Retículo endoplásmico 38 Aparato de Golgi 41 Núcleo 42 Organelos vesiculares 44 Mitocondrias 48 Peroxisomas 50 Plástidos 50 Citoesqueleto 51 Ribosomas 56 Métodos bioquímicos Tecnología celular 57 Resumen del capítulo 59 Lecturas recomendadas 60 Palabras clave 60 Preguntas de revisión 60 Preguntas de análisis 61 3 EL AGUA: LA MATRÍZ DE LA VIDA 62 ESTRUCTURA MOLECULAR DEL AGUA 63 ENLACES NO COVALENTES 64 Interacciones iónicas 65 Enlaces de hidrógeno 65 Fuerzas de van der Walals 66 PROPIEDADES TÉRMICAS DEL AGUA 67 PROPIEDADES DISOLVENTES DEL AGUA 69 Moléculas hidrófilas, estructuración del agua celular y transiciones sol-gel 69 Moléculas hidrófobas y efecto hidrofóbico 71 Moléculas anfipáticas 72 Presión osmótica 73 IONIZACIÓN DEL AGUA 77 Ácidos, bases y Ph 77 Amortiguadores 79 Amortiguadores fisiológicas 85 Bioquímica en perspectiva Regulación de volumen celular y metabolismo 87 Resumen del capítulo 88 Lecturas recomendadas 89 Palabras clave 89 Preguntas de revisión 89 Preguntas de análisis 90 4 ENERGÍA 91 Termodinámica 93 Primera ley de la termodinámica 94 Segunda ley de la termodinámica 96 Energía libre 98 Variaciones de la energía libre estándar 98 Reacciones acopladas 100 Nueva perspectiva del efecto hidrófobo 102 Función del ATP 102 Resumen del capítulo 106 Lecturas recomendadas 106 Palabras clave 106 Preguntas de revisión 107 Preguntas de análisis 108 5 AMINOÁCIDOS, PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS 109 Aminoácidos 111 Clases de aminoácidos 113 Aminoácidos con actividad biológica 114 Aminoácidos modificados en las proteínas 115 Estereoisómeros de los aminoácidos 115 Titulación de los aminoácidos 116 Reacciones de los aminoácidos 121 Péptidos 123 Proteínas 126 Estructura de las proteínas 127 El problema del plegamiento 142 Proteínas fibrosas 145 Proteínas globulares 148 Máquinas moleculares 153 Proteínas motoras 154 BIOQUÍMICA EN PERSPECTIVA Seda de araña y biomimética 155 MÉTODOS BIOQUÍMICOS Tecnología de proteínas 158 Resumen del capítulo 163 Lecturas recomendadas 163 Palabras clave 163 Preguntas de revisión 164 Preguntas de análisis 165 6 ENZIMAS 166 Propiedades de las enzimas 167 Clasificación de las enzimas 171 Cinética enzimática 174 Cinética de Michaelis – Menten 176 Gráficas de Lineweaver – Burk 178 Reacciones de sustratos múltiples 179 Inhibición enzimática 180 Cinética enzimática, metabolismo y hacinamiento macromolecular 186 Catálisis 187 Reacciones orgánicas y estado de transición 187 Mecanismos catalíticos 188 Función de los aminoácidos en la catálisis enzimática 191 Funciones de los cofactores en la catálisis enzimática 192 Efectos de la temperatura y El Ph en reacciones catalizadas por enzimas 194 Mecanismos detallados de la catálisis enzimática 196 Regulación enzimática 197 Control genético 199 Modificación covalente 199 Regulación alostérica 200 Compartimentación 202 Resumen del capítulo 204 Lecturas recomendadas 204 Palabras clave 205 Preguntas de revisión 205 Preguntas de análisis 206 7 CARBOHIDRATOS 208 Monosacáridos 209 Estereoisómeros de los monosacáridos 210 Estructura cíclica de los monosacáridos 210 Reacciones de los monosacáridos 213 Monosacáridos importantes 219 Derivados de monosacáridos 221 Disacáridos 222 Polisacáridos 223 Homoglucanos 223 Heteroglucanos 227 Glucoconjugados 229 Proteoglucanos 229 Glucoproteínas 230 Código de los azúcares 231 Lectinas: traductoras del código de los azúcares 233 Glucidoma 234 MÉTODOS BIOQUÍMICOS Glucómica 235 Resumen del capítulo 236 Lecturas recomendadas 236 Palabras clave 237 Preguntas de revisión 237 Preguntas de análisis 238 8 METABOLISMO DE LOS CARBOHIDRATOS 239 Glucólisis 240 Reacciones de la vía glucolítica 243 Destinos del piruvato 249 Producción de energía a través de la glucólisis 251 Regulación de la glucólisis 252 Gluconeogénesis 255 Reacciones de la gluconeogénesis 255 Sustratos de la gluconeogénesis 259 Regulación de la gluconeogénesis 260 Vía de las pentosas fosfato 262 Metabolismo de otros azúcares importantes 266 Metabolismo de la fructuosa 266 Metabolismo del glucógeno 268 Glucogénesis 268 Glucogenólisis 271 Regulación del metabolismo del glucógeno 272 Bioquímica en perspectiva El diseño turbo puede ser peligroso 257 Resumen del capítulo 276 Lecturas recomendadas 276 Palabras clave 276 Preguntas de revisión 277 Preguntas de análisis 277 9 METABOLISMO AEROBIO I: CICLO DEL ÁCIDO CÍTRICO 278 Reacciones de oxidación – reducción 280 Coenzimas redox 283 Metabolismo aeróbico 287 Ciclo del ácido cítrico 287 Conversión del piruvato en acetil – CoA 289 Reacciones del ciclo del ácido cítrico 292 Destino de los átomos de carbono en el ciclo del ácido cítrico 296 Ciclo del ácido cítrico anfibólico 296 Regulación del ciclo del ácido cítrico 298 El ciclo del ácido cítrico y la enfermedad humana 301 Ciclo del glioxilato 302 BIOQUÍMICA EN PERSPECTIVA Historia evolutiva del ciclo del ácido cítrico 304 Resumen del capítulo 305 Lecturas recomendadas 306 Palabras clave 306 Preguntas de revisión 306 Preguntas de análisis 307 10 METABOLISMO AEROBIO II: TRANSPORTE DE ELECTRONES Y FOSFORILACIÓN OXIDATIVA 308 Transporte de electrones 309 Transporte de electrones y sus componentes 309 Transporte de electrones: los modelos del estado fluido y el estado sólido 316 Inhibidores del transporte eléctrico 316 Fosforilación oxidativa 317 Teoría quimioosmótica 317 Síntesis de ATP 320 Control de la fosforilación oxidativa 321 Oxidación total de la glucosa 322 Transporte electrónico desacoplado326 OXÍGENO, FUNCIONAMIENTO CELULAR Y ESTRÉS OXIDATIVO 326 Especies reactivas de oxígeno 327 Sistemas enzimáticos antioxidantes 332 Moléculas antioxidantes 334 BIOQUÍMICA EN PERSPECTIVA Infarto al miocardio: isquemia y reperfusión 337 Resumen del capítulo 338 Lecturas recomendadas 338 Palabras clave 338 Preguntas de revisión 339 Preguntas de análisis 339 11 LÍPIDOS Y MEMBRANAS 340 Clases de lípidos 341 Ácidos grasos 341 Eicosanoides 344 Triacilgliceroles 347 Éstres de ceras 348 Fosfolípidos 348 Fosfolipasas 352 Esfingolípidos 352 Enfermedades del almacenamiento de esfingolípidos 354 Isoprenoides 355 Lipoproteínas 359 Membranas 362 Estructura de la membrana 362 Función de la membrana 368 BIOQUÍMICA EN PERSPECTIVA Botulismo y fusión de membrana 375 Resumen del capítulo 376 Lecturas recomendadas 377 Palabras clave 377 Preguntas de revisión 378 Preguntas de análisis 379 12 METABOLISMO DE LOS LÍPIDOS 380 Ácidos grasos, triacilgliceroles y rutas de las lipoproteínas 381 Gliceroneogénesis y el ciclo del triacilglicerol 383 Degradación de los ácidos grasos 387 Oxidación completa de un ácido graso 391 Oxidación
de los ácidos grasos: dobles enlaces y cadenas impares 393 Biosíntesis de los ácidos grasos 396 Regulación del metabolismo de los ácidos grasos en los mamíferos 404 Metabolismo de las lipoproteínas: la vía endógena 408 Metabolismo de los lípidos de la membrana 408 Metabolismo de los fosfolípidos 408 Metabolismo de los esfingolípidos 411 Metabolismo de los isoprenoides 411 Metabolismo del colesterol 411 La vía biosintética del colesterol y el tratamiento farmacológico 422 BIOQUÍMICA EN PERSPECTIVA Aterosclerosis 409 BIOQUÍMICA EN PERSPECTIVA Biotransformación 423 Resumen del capítulo 425 Lecturas recomendadas 425 Palabras clave 426 Preguntas de revisión 426 Preguntas de análisis 427 13 FOTOSÍNTESIS 428 Clorofila y cloroplastos 429 Luz 436 Reacciones a la luz 439 Fotosistema II y oxidación del agua 441 Fotosistema I y síntesis de NADPH 443 Fotofosforilación 445 Las reacciones dependientes de la luz 446 El ciclo de Calvin 446 Fotorrespiración 450 Alternativas al metabolismo C3 451 Regulación de la fotosíntesis 453 Control lumínico de la fotosíntesis 454 Control de la ribulosa – 1.5 – bifosfato carboxilasa 455 Resumen del capítulo 457 Lecturas recomendadas 457 Palabras clave 457 Preguntas de revisión 458 Preguntas de análisis 458 14 METABOLISMO DEL NITRÓGENO I: SÍNTESIS 460 Fijación del nitrógeno 461 Reacción de fijación 462 Asimilación de nitrógeno 464 Biosíntesis de los aminoácidos 465 Generalidades del metabolismo de los aminoácidos 465 Reacciones de los grupos amino 466 Síntesis de los aminoácidos 470 Reacciones biosintéticas que involucran aminoácidos 477 Metabolismo de un carbono 477 Glutatión 483 Neurotransmisores 485 Nucleótidos 487 Hem 496 Resumen del capítulo 497 Lecturas recomendadas 497 Palabras clave 497 Preguntas de revisión 498 Preguntas de análisis 499 15 METABOLISMO DEL NITRÓGENO II: DEGRADACIÓN 500 Recambio proteínico 501 Sistema proteasómico de ubicuitina 502 Sistema de autofagia lisosómica 504 Catabolismo de los aminoácidos 505 Desaminación 505 Síntesis de urea 506 Control del ciclo de la urea 509 Catabolismo de los esqueletos carbonados de los aminoácidos 510 Degradación de neurotransmisores 519 Degradación de los nucleótidos 519 Catabolismo de la purinas 520 Catabolismo de la pirimidinas 522 Resumen del capítulo 524 Lecturas recomendadas 524 Palabras clave 524 Preguntas de revisión 525 Preguntas de análisis 525 16 INTEGRACIÓN DEL METABOLISMO 527 Visión general del metabolismo 528 Hormonas y comunicación intercelular 530 Hormonas peptídicas 530 Factores de crecimiento 538 Mecanismos de las hormonas esteroides y de la tiroidea 539 Metabolismo en el cuerpo de los mamíferos: división del trabajo 539 Tubo digestivo 541 Hígado 541 Músculos 542 Tejido adiposo 542 Cerebro 542 Riñones 543 Ciclo alimentación – ayuno 543 Fase de alimentación 543 Fase de ayuno 547 Comportamiento alimentario 547 Resumen del capítulo 550 Lecturas recomendadas 551 Palabras clave 551 Preguntas de revisión 551 Preguntas de análisis 552 17 ÁCIDOS NUCLEICOS 553 DNA 557 Estructura del DNA: naturaleza de las mutaciones 560 Estructura del DNA: el material genético 564 Estructura del DNA: variaciones sobre un tema 566 Superenrrollamiento del DNA 569 Cromosomas y cromática 570 Estructura del genoma 575 RNA 579 RNA de transferencia 579 RNA ribosómico 582 RNA mensajero 583 RNA no codificador 583 Virus 584 Bacteriófgo T4 585 BIOQUÍMICA EN PERSPECTIVA Investigaciones forenses 580 Lecturas recomendadas 587 Palabras clave 588 Preguntas de revisión 588 Preguntas de análisis 489 18 información genética 590 Información genética: replicación, reparación y recombinación 593 Replicación del DNA 593 Replicación del DNA 602 Reparaciones directas 604 Recombinación del DNA 607 Transcripción 623 Transcripción en procariotas 623 RNAP y el proceso de transcripción procariota 624 Transcripción en eucariotas 627 Expresión genética 633 Expresión genética en procariotas 635 Expresión genética en eucariotas 637 MÉTODOS BIOQUÍMICOS Genómica 616 Resumen del capítulo 645 Lecturas recomendadas 645 Palabras clave 645 Preguntas de revisión 646 Preguntas de análisis 647 19 SÍNTESIS DE PROTEÍNAS 649 El código genético 651 Tendencia en el uso de condones 652 Interacciones codón – anticodón 653 Reacción de la aminoacil t RNA sintetasa 654 Síntesis de proteínas Síntesis de proteínas en procariotas 659 Síntesis de proteínas en eucariotas 665 BIOQUÍMICA EN PERSPECTIVA Reasignación de los codones dependiente del contexto 671 MÉTODOS BIOQUÍMICOS Proteómica 682 Resumen del capítulo 683 Lecturas recomendadas 683 Palabras clave 683 Preguntas de revisión 684 Preguntas de análisis 685 Apéndice: soluciones A – 1 Glosario G – 1 Créditos C – 1 Índice alfabético I – 1